Kaczmarek Jan Urodził się 30 września 1939 roku w Zduńskiej Woli. Do szkoły podstawowej uczęszczał w Prudniku (woj. opolskie). W 1959 roku uzyskał świadectwo dojrzałości w Technikum Weterynaryjnym w Nysie. Następnie w latach 1959–1962 pracował w Zakładzie Ubezpieczeń Społecznych w Opolu i Powiatowej Radzie Narodowej w Prudniku. W 1962 roku rozpoczął studia na Wydziale Rolniczym WSR we Wrocławiu, otrzymując tytuł magistra inżyniera rolnictwa w 1967 roku. Bezpośrednio po skończeniu studiów został zatrudniony w Katedrze Hodowli Roślin i Nasiennictwa, której kierownictwo objął w 1997 roku.
Stopień doktora nauk rolniczych otrzymał w 1974 roku na podstawie rozprawy Zawartość białka ogólnego w ziarnie linii wsobnych i mieszańców międzyliniowych żyta, a w 1985 roku stopień doktora habilitowanego na podstawie rozprawy Genetyczna kontrola samoniezgodności żyta (Secale cereale L.) ze szczególnym uwzględnieniem liczby alleli wielokrotnych genów S i Z na Wydziale Rolniczym AR we Wrocławiu.
W 1992 roku otrzymał tytuł naukowy profesora i został powołany na stanowisko profesora nadzwyczajnego, a w 2000 roku na stanowisko profesora zwyczajnego.
Dorobek naukowy stanowi 117 prac publikowanych w wydawnictwach krajowych i zagranicznych.
Do osiągnięć prof. Kaczmarka zalicza się badania związane ze zmiennością i zawartością białka ogólnego, alkilorezorcynoli w ziarnie żyta oraz samoniezgodnością, heterozją i analizą sposobów dziedziczenia cech użytkowych żyta.
Pod Jego kierunkiem 49 studentów wykonało prace magisterskie i 3 osoby uzyskały stopnie doktora nauk rolniczych. Był recenzentem 3 rozpraw habilitacyjnych i 4 doktorskich oraz opiniodawcą 20 projektów badawczych KBN.
W latach 1993–1999 prodziekan Wydziału Rolniczego, długoletni opiekun Koła Naukowego Genetyków i Hodowców Roślin.
Jest członkiem Komitetu Fizjologii, Genetyki i Hodowli Roślin PAN. W latach 1993, 1996 i 1999 był Przewodniczącym Komitetu Organizacyjnego Ogólnopolskich Sympozjów Genetyki Ilościowej Roślin Uprawnych.
Uhonorowany 3 nagrodami Ministra i 17 Rektora.