Marcilonek Stanisław Urodził się 14 października 1920 roku w Szalcinach w woj. wileńskim. Studia wyższe odbył w latach 1946–1951 na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. Uzyskał dyplom inżyniera rolnika i magistra nauk agrotechnicznych w zakresie melioracji wodnych. W latach 1951–1952 pracował w Technikum Wodno-Melioracyjnym w Gdańsku-Oruni. W 1953 roku zatrudniony został w Katedrze Melioracji Rolnych i Leśnych Wyższej Szkoły Rolniczej we Wrocławiu. W 1955 roku na Wydziale Melioracji Wodnych WSR we Wrocławiu ukończył Krajowe Studia Aspiranckie pod kierunkiem prof. dr. inż. Stanisława Baca (sen.), uwieńczone obroną rozprawy doktorskiej Stosunki wodno-pokarmowe i biologiczne gleby oraz plonowanie roślin nawadnianych wgłębnie ściekami miejskimi. W 1964 roku uzyskał stopień naukowy doktora habilitowanego w zakresie melioracji rolnych po przedstawieniu rozprawy Zużycie i niedobory wodne roślin uprawnych oraz został powołany na stanowisko docenta. W latach 1953–1960 dodatkowo pracował w Instytucie Melioracji i Użytków Zielonych – Terenowym Ośrodku we Wrocławiu. Odbył kilka zagranicznych staży naukowych w instytutach naukowo-badawczych oraz na uczelniach rolniczych na terenie: Czech, Rosji i Węgier. Tytuł naukowy profesora nadzwyczajnego otrzymał w 1972, a profesora zwyczajnego w 1982 roku.
Był kierownikiem Katedry Melioracji Rolnych i Leśnych (1967–1970), dyrektorem Instytutu Melioracji i Kształtowania Środowiska (1970–1991), prodziekanem Wydziału Melioracji Wodnych (1967–1970), prorektorem ds. Nauki (1970–1972), wiceprzewodniczacym Komitetu Melioracji PAN oraz przewodniczącym Zespołu Problemowego ds. Eksploatacji Systemów Melioracyjnych tego Komitetu (1976–1982), przewodniczącym Rady Naukowej Instytutu Melioracji i Użytków Zielonych w Falentach (1976–1985), przewodniczącym Komisji Dydaktyczno-Wychowawczej Wydziałów Melioracji Wodnych Ministerstwa Nauki Szkolnictwa Wyższego i Techniki (1967–1971), przewodniczącym Senackiej Komisji ds. Rozwoju Kadr Naukowych i Współpracy z Zagranicą (1980–1987).
Był wybitnym specjalistą w zakresie melioracji rolnych. Stworzył cenioną w Polsce szkołę naukową eksploatacji urządzeń i systemów melioracyjnych. Opracował jej podstawy teoretyczne i rozwiązania praktyczne, które poddawał szerokiej dyskusji i ocenie na zorganizowanych przez siebie 2 ogólnopolskich konferencjach naukowych Doskonalenie eksploatacji systemów melioracyjnych.
Był autorem lub współautorem ponad 200 opracowań naukowych i prac wdrożeniowych, w tym 3 skryptów oraz 2 wydań podręcznika akademickiego Eksploatacja urządzeń melioracyjnych. Pod Jego naukową opieką zrealizowano 7 rozpraw doktorskich i 100 prac magisterskich. Opracował 24 recenzje rozpraw doktorskich, 9 habilitacyjnych, 7 ocen dorobku w związku z postępowaniem o nadanie tytułu profesora, 4 recenzje dla Centralnej Komisji do Spraw Tytułu Naukowego i Stopni Naukowych i recenzję w sprawie nadania doktoratu honoris causa.
Został uhonorowany m.in. Odznaką XV-lecia Wyzwolenia Dolnego Śląska, Odznaką Tysiąclecia Państwa Polskiego, Złotym Krzyżem Zasługi, Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Medalem Edukacji Narodowej, Odznaką ”Zasłużony dla woj. wrocławskiego i miasta Wrocławia”, Medalem za zasługi dla Akademii Rolniczej we Wrocławiu, Odznaką Zasłużony Pracownik Rolnictwa, Złotą Honorową Odznaką NOT.
Zmarł 21 lipca 1997 roku. Spoczywa na cmentarzu św. Wawrzyńca przy ul. O. Bujwida we Wrocławiu.