Nowakowski Jan Urodził się 23 sierpnia 1922 roku w Karsach (powiat Dąbrowa Tarnowska). Szkołę podstawową ukończył w Mościcach k. Tarnowa. W latach 1937–1945 pracował w Państwowej Fabryce Związków Azotowych na stanowisku laboranta. W 1946 roku wyjechał do Wrocławia, gdzie zdał maturę jako eksternista w I LO. W latach 1946–1951 pracował w Kuratorium Okręgu Szkolnego we Wrocławiu, w Referacie szkolno-organizacyjnym, podejmując jednocześnie studia na Wydziale Rolniczym Uniwersytetu i Politechniki we Wrocławiu. Ukończył je w 1951 roku, uzyskując dyplom inżyniera rolnika i magistra nauk agrotechnicznych, po czym rozpoczął pracę w Katedrze Szczegółowej Hodowli Zwierząt Wydziału Rolniczego Wyższej Szkoły Rolniczej we Wrocławiu jako młodszy asystent.
W latach 1954–1958 przebywał w Wyższej szkole Rolniczej w Poznaniu na tzw. aspiranturze. Po powrocie do Wrocławia w 1959 roku otrzymał etat starszego asystenta w Katedrze Szczegółowej Hodowli Zwierząt Wydziału Zootechnicznego WSR. Stopień doktora nauk rolniczych i leśnych uzyskał w 1960 roku na podstawie pracy doktorskiej Bydło nizinne czerwono-białe na polskim Podsudeciu, (promotor – prof. dr Tadeusz Konopiński). Po doktoracie podjął pracę w Zakładzie Pszczelnictwa WSR, przejmując w 1962 roku obowiązki kierownika, które pełnił aż do przejścia na emeryturę w 1992 roku. Etat docenta uzyskał w 1970 roku, a tytuł naukowy profesora w 1985 roku.
Profesor Jan Nowakowski w latach 1966–1967 odbył 18-miesięczne specjalistyczne studia na Uniwersytecie Cornella w Nowym Jorku i na farmie pszczół B. Schearmana w Glen Arm w stanie Maryland.
Jego zainteresowania naukowe koncentrowały się na zagadnieniach biologii rodziny pszczelej i owadów użytkowych, wykorzystaniu mieszańców z krzyżowania międzyrasowego pszczół w różnych regionach Dolnego Śląska oraz wpływu herbicydów na zdrowotność rodzin pszczelich i produkcyjność pszczół.
Opublikował 49 oryginalnych prac, w tym także w językach obcych oraz wiele artykułów, referatów i doniesień naukowych.
Zorganizował doświadczalną fermę pszczół, opracował z prof. J. Wojke z SGGW w Warszawie Przewodnik do ćwiczeń z pszczelarstwa. Pod jego opieką wykonano 32 prace magisterskie i jedną pracę doktorską.
Był w 1987 roku sekretarzem Międzynarodowego Kongresu Pszczelnictwa ”Apimondia”, który odbył się w Warszawie i uczestniczył w Kongresach w Meksyku, Tajlandii i w kilku krajach europejskich.
Był zastępcą dyrektora Instytutu Hodowli i Technologii Produkcji Zwierzęcej (1973–1981), prodziekanem Wydziału Zootechnicznego (1972–1981 oraz 1984–1987), członkiem Rady Naukowej Instytutu Sadownictwa i Kwiaciarstwa w Skierniewicach, członkiem Rady Naukowej ds. Pszczelarstwa przy Ministerstwie Rolnictwa, członkiem Rady Naukowej przy Centrali Spółdzielni Ogrodniczych ds. Hodowli Pszczół, był członkiem Polskiego Towarzystwa Zootechnicznego i Polskiego Związku Pszczelarskiego, przewodniczącym Rady Oddziałowej ZNP, skarbnikiem Wojewódzkiego Zarządu Pszczelarzy we Wrocławiu, a także prezesem koła myśliwskiego ”Remiza”.
Otrzymał Nagrody Ministra Rolnictwa oraz Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki, a także wiele nagród Rektora Akademii Rolniczej. W uznaniu zasług został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Komisji Edukacji Narodowej oraz Krzyżem Kawalerskim Odrodzenia Polski, a za udział w walce z okupantami w szeregach Armii Krajowej Odznaką Grunwaldu, Medalem Zwycięstwa i Wolności, Krzyżem Partyzanckim, Krzyżem Walecznych.
Zmarł 29 października 2000 roku. Pochowany został na cmentarzu Osobowickim we Wrocławiu.