Sobota Jerzy Urodził się 22 lutego 1946 roku w Wierzbiu w powiecie wieluńskim. Szkołę podstawową, a następnie IV Liceum Ogólnokształcące ukończył we Wrocławiu. Studia na Wydziale Melioracji Wodnych ówczesnej Wyższej Szkoły Rolniczej we Wrocławiu ukończył w roku 1969. Po studiach odbył asystenckie studia przygotowawcze w Katedrze Budownictwa Wodnego. Następnie podjął pracę jako asystent (1970–1977), adiunkt (1977–1987), docent (1987–1992) a obecnie profesor nadzwyczajny (od 1992) w Instytucie Inżynierii Środowiska. Od 1980 roku jest kierownikiem Zakładu Inżynierii Wodnej i Hydrotransportu. Od 1999 r. jest prodziekanem.
Stopień doktora nauk technicznych otrzymał w 1977 roku na Wydziale Melioracji Wodnych Akademii Rolniczej we Wrocławiu na podstawie rozprawy Ocena wpływu lepkości zawiesiny na prędkość opadania cząstek stałych, natomiast stopień doktora habilitowanego nauk technicznych w roku 1987 na tymże Wydziale na podstawie rozprawy habilitacyjnej Fenomenologiczny model zależności spadku hydraulicznego od prędkości przepływu mieszaniny ciecz-cząstki stałe w rurociągu poziomym. Tytuł naukowy profesora nauk technicznych na wniosek Rady Wydziału Górniczego AGH w Krakowie otrzymał w 2000 roku. Odbył długoterminowe staże naukowe we Francji, w Czechosłowacji oraz w Chinach a także staże krótkoterminowe w Belgii, Niemczech, byłym ZSRR, Bułgarii.
Promował 2 doktorów, jest promotorem w 2 otwartych przewodach doktorskich. Opiekun ponad 40 prac magisterskich. Wykonał 1 recenzję w przewodzie habilitacyjnym oraz 7 w przewodach doktorskich, w tym dwie zagraniczne (Oran, Sofia). Wykonał ponad 40 recenzji wydawniczych podręczników, skryptów i publikacji naukowych, 13 recenzji projektów badawczych KBN oraz 2 recenzje grantów zagranicznych. Pod jego kierownictwem 1 osoba z kraju i 5 obcokrajowców odbyło staże naukowe.
Jest współredaktorem, autorem i współautorem kilku rozdziałów w trzech wydaniach (1993, 1998, 1999) podręcznika Zagrożenia, ochrona i kształtowanie środowiska przyrodniczo-rolniczego. Autor wydanego w 1994 r. 2-tomowego podręcznika Hydraulika oraz w 1999 r. Hydromechanika. Działy wybrane.
Rezultaty swych prac badawczych Jerzy Sobota przedstawił w 71 publikacjach naukowych (27 w językach obcych) oraz w 59 sprawozdaniach i raportach. Wyniki swych prac prezentował na konferencjach m.in. w Johannesburgu, Miskolcu, Meschede, Sankt Peterburgu, Warnie, Rostocku, Pradze, na Hawajach.
Jest specjalistą z zakresu hydraulicznego transportu rurowego oraz hydrauliki budowli wodnych. Zainteresowania naukowe prof. Jerzego Soboty koncentrują się wokół problemów przepływu dwufazowych mieszanin w rurociągach, a zwłaszcza fizycznego mechanizmu tego zjawiska; technologii składowania i wykorzystania odpadów przemysłowych, hydrauliki budowli wodnych i koryt rzecznych oraz hydraulicznych badań modelowych. W ostatnich latach w kręgu jego zainteresowań naukowych znajdują się zagadnienia technologii wydobycia konkrecji z dna oceanów. Kierownik 2 grantów KBN i główny wykonawca w 2 innych.
Główny twórca pierwszego w Polsce elektronicznego czasopisma naukowego Electronic Journal of Polish Agricultural Universities (przewodniczący Rady Programowej i Kolegium Redakcyjnego Environmetal Development), członek Komitetu Redakcyjnego Journal of Hydrology and Hydromechanics, członek Komitetu Naukowego Międzynarodowej Konferencji Hydrotransport (Londyn), przewodniczący Komitetu Organizacyjnego znanej w świecie Międzynarodowej Konferencji Transport and Sedimentation of Solid Particles. Jest członkiem sekcji Komitetu Gospodarki Wodnej PAN, redaktorem naczelnym Wydawnictwa Akademii Rolniczej we Wrocławiu. Koordynator współpracy z Instytutem Górniczym w St. Petersburgu, Instytutem Mechaniki Płynów w Tuluzie oraz Instytutem Badawczym Górnictwa i Hutnictwa w Changsha (Chiny). Był m.in. ekspertem MEN i ekspertem w KGHM Lubin, konsultantem technicznego projektu hydrotransportu rurowego w Bułgarii, członkiem Rady Społeczno-Gospodarczej we Wrocławiu, członkiem Senatu Akademii Rolniczej we Wrocławiu (1990–93), członkiem założycielem stowarzyszeń: Polskiego Towarzystwa Reologii Stosowanej Partnerstwo dla Odry oraz Wrocławianie.
Został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi i Medalem Komisji Edukacji Narodowej. Wyróżniony dwukrotnie nagrodą Ministra Edukacji Narodowej oraz 32 nagrodami Rektora.